Đặc điểm nổi trội ở phương pháp Montessori là nhấn mạnh đến vai trò của tính tự lập, tự do (trong khuôn khổ cho phép) trong việc hình thành nhân cách trẻ. Ngoài ra, phương pháp này rất tôn trọng sự phát triển tâm sinh lý tự nhiên của trẻ, cũng như trang bị đầy đủ cho học sinh các kiến thức khoa học công nghệ tiến bộ và hiện đại. Tổ chức AMI (Hiệp Hội Montessori Quốc tế) và AMS (Hiệp Hội Montessori Mỹ) đã nêu ra đặc trưng của phương pháp học Montessori như sau:

• Lớp học ghép các lứa tuổi lại với nhau. Thông thường là các trẻ từ 2½ hay 3 tuổi đến 6 tuổi.
• Trẻ tự lựa chọn hoạt động (với điều kiện là các hoạt động này đã được giáo viên lên kế hoạch sắp xếp trước)
• Trẻ không bị ngắt quãng hay làm phiền trong quá trình ‘làm việc’
• Học sinh học hỏi khái niệm, kiến thức thông qua trải nghiệm thực tế với các học cụ, mô hình mang tính chất khám phá, xây dựng, hơn là học theo chỉ dẫn trực tiếp từ phía giáo viên.
• Các học cụ giáo dục đặc biệt được Bà Montessori và đồng sự nghiên cứu, sáng tạo và phát triển nên.

Ngoài ra, nhiều trường học Montessori cũng tự thiết kế chương trình có tham khảo nhiều tài liệu về phương pháp giáo dục của bà Montessori (trong đó phải kể đến là các bài học, học cụ mang tính mô phạm hay phương pháp giáo dục mà Tiến sĩ Montessori đưa ra trong các khóa đào tạo giáo viên đương thời).